Nach dem Krieg war er wie schon vor seiner Gefangenschaft publizistisch tätig, unter anderem als Mitherausgeber der links-katholischen Zeitschrift für Kultur und Politik "Frankfurter Hefte". Schon früh forderte er als eine Lehre aus dem Nationalsozialismus die Überwindung des Nationalismus und setzte sich für den Aufbau einer „europäischen Republik“ ein. Mit seinen Konzepten und Vorstellungen gilt er als einer der intellektuellen Väter der Bundesrepublik Deutschland.

1951 wurde er auf einen der drei in Hessen erstmals eingerichteten Lehrstühle für Politikwissenschaften an der Technischen Hochschule Darmstadt berufen. „Hier arbeitete er an dem Nachweis, dass die Bedingungen der Humanität nur in der Demokratie gegeben sind: Sie allein erzeugt `die Bereitschaft zur Zusammenarbeit, zur Korrektur, zur Geduld, gleichwohl zur Tatkraft“. (E.O. Czempiel, NZZ 1.2.2003)

Von 1950 bis zu seinem Tod im Jahr 1987 lebte und arbeitete Eugen Kogon in seinem Haus in Falkenstein.